Het belastingvoordeel dat ondernemingen met de innovatiebox kunnen behalen, lijkt af te nemen. Hiervoor zijn verschillende oorzaken aan te wijzen. Allereerst de wetswijzigingen, met daarbij de aanscherping in de toegangstickets. Daarnaast de theorie van het laagst mogelijke aggregatieniveau. Dit onderstreept de relevantie van een goede analyse van de functies binnen de onderneming die bijdragen aan de winst op dit lagere aggregatieniveau. Met name bij verlenging van een geëindigde vaststellingsovereenkomst kan dit tot complexe discussies leiden met de Belastingdienst. Tot slot is het opvallend dat innoverende ondernemingen minder profiteren van de dalende vennootschapsbelastingtarieven, terwijl innovatie toch steeds een speerpunt van de Nederlandse overheid is.